Révision : SINE/LINE
Un SINE (Short Interspersed Nuclear Element) est un élément répété dans le génome (l’ensemble de l’ADN).
Il fait partie de la famille des éléments transposables, c’est-à-dire des éléments qui n’ont pas de place fixe dans le génome tel un chromosome, mais au contraire qui s’insère n’importe où.
Il existe deux catégories d’éléments transposables :
- Les transposons(des éléments non transcrits)
- les retrotransposons (des éléments transcrits).
Les transposons ont deux catégories suivant le déplacement de leurs éléments :
- ceux qui sont excisés puis insérés
- et ceux qui sont copiés puis insérés.
Les retrotransposons possèdent également deux catégories :
- les éléments à LTR (Long Terminal Repeat)
- et les éléments sans LTR.
Il existe deux catégories dans les éléments sans LTR :
- les LINEs (Long Interspersed Nuclear Element)
- les SINEs (Short Interspersed Nuclear Element)
Les SINEs peuvent servir de marqueurs moléculaires.
On attend d’un marqueur moléculaire qu’il soit polymorphisme, c’est-à-dire variable entre individus, et discriminant, c’est-à-dire qu’il permette de différencier des individus très proches.Le SINE est en cela un très bon marqueur moléculaire, puisqu’il présente un double polymorphisme (différence entre les individus).
- Par le nombre de copies et leurs positions géographiques dans le génome hôte,
- Par la séquence elle-même.
Par exemple, si l’on obtient deux lignées différentes à partir d’un individu, avec un SINE (en bleu) qui s’insert dans la lignée de gauche (cf figure), on peut faire deux remarques :
- Toutes les descendances suivantes auront le même SINE au même endroit, puisque le SINE est transcrit.
- il est quasiment impossible qu’un même SINE s’introduise au même endroit dans une des descendances de la lignée de droite.
On peut donc en conclure à partir de là, que deux individus ayant un SINE en commun, partagent donc un ancêtre en commun.